Χώρα
Η πρωτεύουσα του νησιωτικού συμπλέγματος βρίσκεται στο Πάνω Κουφονήσι και ξεχωρίζει για τη λιτή σκηνογραφία της από γραφικά λιθόστρωτα σοκάκια, λευκά σπιτάκια με μπλε παράθυρα, ασβεστωμένες αυλές με βουκαμβίλιες και τις εκκλησίες Αγίου Γεωργίου (1870) και Αγίου Νικολάου (1982). Σήμα κατατεθέν της νησιωτικής πολιτείας είναι ο ανεμόμυλος στην είσοδο του λιμανιού.
Κάτω Κουφονήσι
Το ακατοίκητο νησάκι του συμπλέγματος είναι ένας ανέγγιχτος παράδεισος για λάτρεις της πεζοπορίας και της απομόνωσης που απολαμβάνουν τις εξωτικές του παραλίες (Δέτης, Νερό, Πεζούλια και Λάκοι). Tο πιο σημαντικό αξιοθέατο είναι το εκκλησάκι της Παναγίας καθώς και ίχνη ανασκαφών από ένα πρωτοκυκλαδικό νεκροταφείο.
Εκκλησάκι Προφήτη Ηλία
Μοναδικό στο είδος του, αυτό το ασβεστωμένο ξωκλήσι με τα γαλανόλευκα χρώματα είναι ένας υπαίθριος και «χειροποίητος» τόπος λατρείας παρά ένας κανονικός ναός. Βρίσκεται στο λοφίσκο του Προφήτη Ηλία και αποτελείται από την εικόνα του Αγίου, ένα καντήλι και μια Αγία Τράπεζα από πέτρα. Η τοποθεσία είναι εκθαμβωτική καθώς το σημείο εποπτεύει το μισό Πάνω Κουφονήσι και προσφέρει απαράμιλλη θέα στα γύρω νησιά του συμπλέγματος έως και τη Σαντορίνη. Η θέα του ηλιοβασιλέματος κόβει την ανάσα.
Το “Μάτι του Διαβόλου”
Ένα από τα πιο γνωστά γεωλογικά αξιοθέατα του νησιού, δημιούργημα της διάτρησης των βράχων από τη θάλασσα. Το όνομά του οφείλεται στην τρύπα που σχηματίζεται στην άκρη της υποθαλάσσιας σπηλιάς και μοιάζει με ρουφήχτρα, μια αίσθηση που γίνεται πιο έντονη από τον απόκοσμο ήχο που παράγει η κίνηση του νερού.
To “Γάλα”
Ένα από τα πιο εντυπωσιακά γεωλογικά αξιοθέατα του νησιού, αυτή η ανοιχτή σπηλιά επικοινωνεί με τη θάλασσα μέσα από ένα στενό πέρασμα, σχηματίζοντας μια σκεπαστή παραλία με νερά σε μοναδικό “γαλακτερό” χρώμα. Είναι το αποτέλεσμα της αντίστασης που συναντά το νερό στην προσπάθεια να εισχωρήσει στη σπηλιά.
Κέρος
Το ακατοίκητο νησάκι νότια του Κουφουνησίου αποτελούσε σημαντικό θρησκευτικό κέντρο του κυκλαδικού πολιτισμού και είναι ένας από τους σημαντικότερους αρχαιολογικούς χώρους της Πρωτοκυκλαδικής Εποχής. Οι αρχαιολογικές ανασκαφές έφεραν στο φως περισσότερα από 100 μαρμάρινα κυκλαδικά ειδώλια, ανεκτίμητης αξίας. Όταν έχει πανσέληνο, η κορυφογραμμή της Κέρου διαγράφει στον ορίζοντα τη μορφή μιας γυναικείας φιγούρας ξαπλωμένης ανάσκελα στα νερά του Αιγαίου.
Γλαρονήσι
Κυκλωμένη από το Πάνω Κουφονήσι, το Κάτω Κουφονήσι και την Κέρο, αυτή η μικροσκοπική νησίδα με τις μαγευτικές σπηλιές και τις παρθένες παραλίες κατοικείται αποκλειστικά από γλάρους που βρίσκουν εδώ το ιδανικό μέρος για αναπαραγωγή και ξεκούραση. Αποτελεί αγαπημένο σταθμό όσων κάνουν τον γύρο των Κουφονησίων με σκάφος ή καΐκι.